Sur l’ emplacement des terrains, fut édifiée l’ église actuelle de la Commanderie dans la deuxième moitié du douzième siècle, ainsi que de nombreuses dépendances ayant subi les affres de l’ urbanisation du vingtième siècle.
Cet ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem, qui a donné son nom au quartier Saint-Jean de Montbrison, fut successivement dénommé « de Rhôdes », puis de Malte.
Dès le seizième siècle après le siège de la ville et de la Commanderie par les troupes huguenotes, l’ Ordre décline à Montbrison, conservant toutefois les revenus de ses nombreuses propriétés foncières de la plaine du Forez. Tous ces biens seront saisis comme biens du clergé en 1790 et vendus aux enchères. Le 17 juillet 1791, Claude Masset, marchand de biens de Montrond-les-Bains fait l’ acquisition de la Commanderie pour 110.000 livres.
Détail d’ une fresque baroque
Elle sera inscrite avec l’ accord des propriétaires à l’ inventaire supplémentaire des Monuments Historiques en 1991. En juillet 1998, la Société Historique et Archéologique du Forez « La Diana » en fait l’ acquisition de la famille Chauve, dans l’ espoir de pouvoir la sauver et de la restaurer.
La réfection complète de la toiture a été achevée en 200 jours. Un sondage archéologique en 2005 a relevé une nécropole intérieure. En 2007 et 2008 a lieu un chantier de protection et de consolidation des éléments peints, avant la réhabilitation finale.